تـتمـيز المـؤسسـة بمـباشـرة كـافـة الـطعـون والـدعــاوى الإدارية أمــام محـاكـم الـقضـاء الإداري والإداريـة العـلـيا والـمحـاكـم التـأديـبـية علـى اختلاف درجـاتهــا؛ كمـا تـتمـتـع بـسجـل نـاجــح فـي كـافـة المـنازعـات الإدارية وكيفـيـة الحصـول علـى أحكــام تبـين وجــه الحــق ضـد القــرارت الإداريـة المجحفـة، ومـن أهـــم الأحكــام الـتي حصلــت عليهــا المـؤسسـة فـي مجـــال القضــاء الإداري هـــو الحـكــم الصــادر فـي دعــوى أحـمـد قــذاف الـدم بعــدم تـسليمـه إلـى السلطـات الليبـية وهـي السـابقـة الأولـى مـن نـوعهــا فـي هــذه الـدعــاوى، وأيـضــاً الحـكــم الشهـيـر فــي نـزاع جــامعـة النــيل مـع جــامعـة زويـل والحصــول علـى حكــم من المحكمة لصـالـح جــامعـة النـيل بتـمكينهـا مـن مـبانــي وأرض الجــامعـة.